Susunan organisasi RSUD dr. Soedarso terdiri, dari :

1. Direktur;
2. Wakil Direktur Pelayanan Medik dan Keperawatan;
3. Wakil Direktur Penunjang;
4. Wakil Direktur Pendidikan Pengembangan Profesi;
5. Wakil Direktur Administrasi dan Keuangan;
6. Bidang Pelayanan Medik;
7. Bidang Keperawatan dan Kebidanan;
8. Bidang Penunjang Medik;
9. Bidang Penunjang Non Medik;
10. Bidang Informasi dan Rekam Medik;
11. Bidang Pendidikan, Pelatihan dan Penelitian;
12. Bidang Pengembangan Profesi;
13. Bagian Umum;
14. Bagian Perencanaan Program dan Aset;
15. Bagian Keuangan;
16. Kelompok Jabatan Fungsional.

Berikut ini adalah tugas pokok & fungsi dan tata kerja masing-masing :

1. Direktur mempunyai tugas membantu Gubernur dalam mendukung penyelenggaraan pelayanan kesehatan daerah.
2. Wakil Direktur Pelayanan Medik dan Keperawatan mempunyai tugas melaksanakan pelayanan medis dan pelayanan keperawatan dan kebidanan sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
3. Bidang Pelayanan Medik mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang pelayanan medik, serta bertanggungjawab memimpin seluruh kegiatan pelayanan dan administrasi di bidang pelayanan medik.
4. Bidang Keperawatan dan Kebidanan mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang pelayanan keperawatan dan kebidanan.
5. Wakil Direktur Penunjang mempunyai tugas melaksanakan kegiatan penunjang medik, penunjang non medik, serta informasi dan rekam medik sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
6. Bidang Penunjang Medik mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang penunjang medik.
7. Bidang Penunjang Non Medik mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang penunjang non medik.
8. Bidang Informasi dan Rekam Medik mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang informasi dan rekam medik.
9. Wakil Direktur Pendidikan Pengembangan Profesi mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang pendidikan, pelatihan dan penelitian serta pengembangan profesi.
10. Bidang Pendidikan, Pelatihan dan Penelitian mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang pendidikan, pelatihan dan penelitian.
11. Bidang Pengembangan Profesi mempunyai tugas melaksanakan kegiatan bidang pengembangan profesi.
12. Wakil Direktur Administrasi dan Keuangan mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang kesekretariatan, umum, perencanaan, aset dan keuangan.
13. Bagian Umum mempunyai tugas melaksanakan kegiatan ketatausahaan, kerumahtanggaan, organisasi, kepegawaian, hukum, hubungan masyarakat, dan pemasaran.
14. Bagian Perencanaan Program dan Aset mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang perencanaan program dan anggaran, monitoring, evaluasi dan pelaporan, serta pengelolaan aset di lingkungan RSUD dr. Soedarso.
15. Bagian Keuangan mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang pengelolaan pendapatan dan piutang, perbendaharaan, pengelolaan sistem akuntansi, serta laporan keuangan.
16. Kelompok Jabatan Fungsional memiliki tugas memberikan pelayanan fungsional yang berdasarkan keahlian dan keterampilan serta sistem kerja sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.