Struktur Organisasi RSUD Dokter Soedarso terdiri dari:

1. Direktur;
2. Wakil Direktur I;
3. Wakil Direktur II;
4. Bidang Pelayanan;
5. Bidang Penunjang;
6. Bidang Pengembangan;
7. Bidang Pengendalian;
8. Bidang Pengelolaan Dana Fungsional;
9. Bagian Tata Usaha;
10. Komite Pengendalian Penyakit Infeksi;
11. Komite Medik;
12. Komite Keperawatan;
13. Komite Farmasi dan Terapi;
14. Instalasi;
15. Satuan Pengawas Intern;
16. Dewan Penyantun;
17. Kelompok Jabatan Fungsional.

Berikut ini adalah tugas pokok & fungsi dan tata kerja masing-masing:

1. Direktur sebagai unsur pimpinan mempunyai tugas memimpin, membina, mengkoordinasikan, menyelenggarakan, mengevaluasi dan mengendalikan kegiatan RSUD Dr. Soedarso berdasarkan kebijakan Gubernur dan peraturan perundang undangan yang berlaku.
2. Wakil Direktur I mempunyai tugas membantu Direktur dalam memberikan bimbingan dan mengkoordinasikan kegiatan bidang pelayanan, penunjang, pengembangan dan instalasi-instalasi pelayanan.
3. Wakil Direktur II mempunyai tugas membantu Direktur dalam memberikan bimbingan dan mengkoordinasikan kegiatan tata usaha, bidang pengendalian dan bidang pengelolaan dana.
4. Bidang Pelayanan mempunyai tugas melaksanakan koordinasi semua kebutuhan dan melakukan pemantauan dan mengevaluasi kegiatan pelayanan rawat jalan dan rawat darurat, pelayanan rawat inap dan rawat intensif, pelayanan khusus dan penggunaan fasilitas pelayanan serta melakukan pemantauan dan mengendalikan penerimaan serta pemulangan pasien dan mengkoordinasikan kegiatan pelayanan dilingkungan instalasi-instalasi medik dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi:
   • Seksi Pelayanan Medik ;
   • Seksi pelayanan Keperawatan ;
5. Bidang Penunjang mempunyai tugas melaksanakan program, fasilitasi, koordinasi, pemantauan dan pengevaluasian kegiatan dibidang penunjang medik dan penunjang non medik dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi :
   • Seksi Penunjang Medik ;
   • Seksi Penunjang Non Medik ;
6. Bidang Pengembangan mempunyai tugas melaksanakan pengembangan sumber daya manusia meliputi pendidikan, pelatihan, penelitian, mutu dan akreditasi dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi :
   • Seksi Pendidikan dan Penelitian;
   • Seksi Mutu dan Akreditasi;
7. Bidang Pengendalian mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, evaluasi, pelaporan dan pengendalian di bidang pelayanan rumah sakit yang meliputi kegiatan sistem informasi manajemen rumah sakit, pengelolaan rekam medik, hukum, humas dan pemasaran dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi :
   • Seksi Sistem Informasi dan Rekam Medik ;
   • Seksi Hukum, Humas dan Pemasaran ;
8. Bidang Pengelolaan Dana Fungsional mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan dana fungsional meliputi dana langsung, dana tidak langsung dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi:
   • Seksi Pengelolaan Dana langsung ;
   • Seksi Pengelolaan Dana Tidak Langsung ;
9. Bagian Tata usaha mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan teknis di bidang penyusunan rencana kerja, monitoring dan evaluai, administrasi kepegawaian, umum, serta pengelolaan keuangan dan asset dan dalam pelaksanaan tugasnya membawahi 3 (tiga) Sub Bagian yaitu :
   • Sub Bagian Rencana Kerja dan Monev ;
   • Sub Bagian Umum dan Aparatur ;
   • Sub Bagian Keuangan dan Asset ;
10. Komite Pengendalian Penyakit Infeksi merupakan kelompok tenaga profesional kesehatan yang anggotanya terdiri dari dokter wakil dari tiap SMF, petugas laboratorium, farmasi, perawat, bidan, sterilisasi (CSSD),binatu, IPFRS, sanitasi, gizi, kesehatan dan keselamatan kerja (K3),dan kamar jenazah mempunyai tugas membantu Direktur dalam menyusun dan evaluasi program, kebijakan dan standard operating procedure pencegahan dan pengendalian penyakit infeksi, pengembangan dan peningkatan cara pencegahan dan pengendalian penyakit infeksi, penyusunan kebijakan kesehatan dan keselamatan kerja (K3) clinical governance dan keamanan pasien, melaksanakan pendidikan dan latihan pencegahan dan pengedalian penyakit menular.
11. Komite Medik merupakan kelompok tenaga medis yang anggotanya terdiri dari Ketua-Ketua Staf Medik Fungsional mempunyai tugas membantu Direktur dalam menyusun standar pelayanan medik, memantau pelaksanaannya, melaksanakan pembinaan etika profesi, mengatur kewenangan profesi anggota staf medik fungsional dan mengembangkan program pelayanan.
12. Komite keperawatan merupakan kelompok profesi perawat/bidan yang anggotanya terdiri dari perawat/bidan, mempunyai tugas membantu Direktur menyusun standar keperawatan, pembinaan asuhan keperawatan, melaksanakan pembinaan etika profesi keperawatan.
13. Komite Farmasi dan Terapi merupakan kelompok tenaga profesional kesehatan yang mewakili hubungan komunikasi antara staf medis dan staf farmasi yang anggotanya terdiri dari dokter yang mewakili spesialisasi-spesialisasi yang ada di rumah sakit, dan apoteker yang mewakili farmasi rumah sakit, mempunyai tugas membantu Direktur Menyusun dan mengembangkan formularium rumah sakit, mengatur pengelolaan obat yang digunakan di rumah sakit, meninjau penggunaan obat di rumah sakit terhadap standar diagnosa dan terapi serta laporan mengenai efek samping obat, melaksankan bimbingan terhadap instalasi farmasi dalam mengembangkan peninjauan terhadap kebijakan dan peraturan mengenai penggunaan obat di rumah sakit,mengevaluasi produk obat dan dosis obat yang diusulkan oleh staf medis,menyebarluaskan ilmu pengetahuan obat kepada staf medis dan staf keperawatan.
14. Instalasi merupakan unit penyelenggara pelayanan fungsional di RSUD Dr. Soedarso dipimpin oleh seorang Kepala dalam Jabatan Fungsional, mempunyai tugas membantu Direktur dalam penyelenggaraan pelayanan fungsional sesuai dengan fungsinya secara langsung dengan memanfaatkan sumber yang ada secara efektif dan efisiensi.